2019年，根据《关于调整赣州市自然资源局派出机构职责机构编制事项的通知》精神，整合原市国土资源局蓉江新区分局、市城乡规划局蓉江新区分局等2个正科级机构，组建市自然资源局蓉江新区分局，为市自然资源局正科级派出机构，维持原市国土资源局蓉江新区分局和市城乡规划局蓉江新区分局机关人员编制共16名不变，核定领导职数1正2副，于2019年5月29日正式挂牌成立。

2021年2月，根据《赣州市深化事业单位改革试点实施方案》精神，保留市自然资源局蓉江新区分局，所属自然资源所调整设置为分局分支机构。2021年4月，《关于市自然资源局深化事业单位改革有关事项的批复》中明确保留分局，行政职能回归市自然资源局机关。核定人员编制18名（全额拨款），核定领导职数局长1名、副局长3名。潭东、潭口自然资源所为分局分支机构，股级，各核定人员编制3名（全额拨款），各核定领导职数所长1名。2022年1月，市委编办《关于调整市自然资源局所属事业单位机构编制事项的通知》明确分局作为市自然资源局派出机构，不纳入事业单位管理，撤销潭东、潭口自然资源所等2个股级分支机构，机构职责和人员编制划入分局。